La protagonista della storia, Tsugumi Harudori, è una quattordicenne che si è appena iscritta alla scuola Shibusen. Essendo una buki (arma demoniaca dall’aspetto umano), deve trovare un meister che diventi suo partner, tuttavia ne incontra ben due: Anya, una ragazza tsundere proveniente da una famiglia nobile, e Meme, una ragazza smemorata che non ricorda mai nulla.
Nel loro primo giorno di scuola le tre diventano amiche e si iscrivono al corso di studi NOT. All’interno della scuola Shibusen esistono infatti due tipologie di corsi: uno è denominato EAT (Especially Advanced Talent) e ha lo scopo di preparare gli studenti al combattimento, l’altro risponde alla sigla NOT (Normally Overcome Target) e si propone di insegnare agli studenti a controllare le loro capacità, in modo che anche le buki possano vivere una vita normale nonostante le loro abilità di trasformazione. A differenza del corso EAT, frequentato dai protagonisti della serie originale “Soul Eater”, il corso NOT non prevede battaglie in prima linea, così Tsugumi e le sue amiche trascorrono giorni tranquilli tra scuola, dormitorio e lavori part-time, affrontando solo di tanto in tanto qualche combattimento da poco.

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